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メダカは、体が小さいので
絶対的な酸素要求量が少なくてすむので
エアレーション(いわゆるブクブク)しなくても、
飼うことができます。
なので、コーヒーなどの瓶でも十分です。
密閉容器でも、入れる個体数を少なくして
水を７：３くらいで入れておけば、大丈夫です。
心配なら、極小の小瓶に砂を敷き詰めてカナダモを植えてやればいいでしょう。
（密閉したネ○カフェの大瓶で、２匹のヒメダカを１か月飼った経験ありです(^^ゞ）
でも、底石をちょっと大きめのものにしてしまうと
体が小さいせいで石の隙間に潜りこんだり、挟まったりします。
（↑この傾向は、経験的に黒メダカよりヒメダカに多いように思います）
また、砂みたいに粒が小さくなるとフンや食べ残しが目立ってしまうので
Φ３〜５mmくらいが妥当なところでしょうかね？
水が汚れやすくなるけど、田んぼの泥をまぜてやるのもありですね。
いろいろ試してみたらいいかもしれません。
水は、減ったら足すくらいにしてやれば、
底石を入れておけば、自然のろ過・浄化作用で水質は保てると思います。
これで明るい室内に置いてやれば、癒しの空間ができあがりです(^^ゞ